兩種方法都是使用氫氣的合理方法，各有優勢。兩種方法獲得的氫氣劑量不同，側重點不同，吸入獲得氫氣量多，不受飲水量限制，適合醫療。氫水簡單易行，適合健康生活方式。 
學術研究角度，喝氫水和吸氫氣的研究論文數量相當。2007年《自然醫學》報道的氫氣治療疾病是使用呼吸含1-4%濃度氫氣，呼吸氫氣時，血液中氣體的濃度會隨著呼吸時間延長從低到高增加，一般30分鐘可以達到最大血液濃度。2008年后喝氫水的效應研究就有開展。近年來也有采用吸入高濃度氫氣治療疾病的研究。 
一般來說，氫水的應用主要作為日常保健，氫氣吸入側重于疾病治療。而且現實中飲用氫水的人多是亞健康人群，吸氫氣的則多是各種疾病患者。 相對來說，呼吸氫氣的方法能明顯提高機體攝取氫氣的量。吸入氫氣后，氫氣通過肺攝取進入血液，然后經過大循環經過動脈系統運輸到達全身各處組織器官，吸氫60分鐘后，腦組織氫濃度也達到飽和，繼續吸氫可以維持在飽和濃度。通過喝氫水，由于氫氣在水中的分壓非常高，經過消化道攝取速度非常快，但氫氣總量有限，這導致攝取氫量有局限性。盡管通過一定技術如納米氣泡能顯著提高水中氫濃度，但仍無法達吸氫氣同樣劑量。只要能解決安全使用問題，呼吸將是疾病治療的合理方法。雖然氫水也有臨床試驗研究，但目前氫氣吸入設備是國際上醫療器械研發的主要方向。 
雖然吸入比氫水劑量更高，但對兩種方法治療疾病效果對比研究仍十分少見，無法確定具體哪種方法更為理想。我個人估計，對消化系統相關疾病，氫水有優勢，對呼吸系統疾病，呼吸氫有更大優勢。吸入時氫氣只在血液內，難以進入消化道內，對消化道疾患效果可能不理想。如氫氣吸入對結腸炎就不如氫水的效果好。為氫氣對人體安全性高，從效果角度考慮，吸氫喝氫水聯合應用可取得更全面理想的效果。 吸氫和喝氫水有什么區別?——來自孫學軍教授氫思語 
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